A.C.196年。かつての戦いから1年。
人類は全ての武力を放棄して、平和への道を歩み始めていた。
アポロニア以外の七曜の騎士も自らのガンダムの破棄を選び、アルトロンガンダムを除く4機のガンダムは資源衛星に乗せられ、太陽に送られる。

だが、シェロカルテ商会やリュミエール騎士団を支援していたハリード商会の総帥であるアルハリードはファータグランデ圏掌握を諦めておらず、特異点あるへのをシンボルにあるへの軍を結成していた。表向きは放棄されたはずのリーオー他旧式戦力に加え、新型MS・Z（ゼータ）ロボミも揃えたあるへの軍は、平和の象徴でもあるシャルロッテ・フェニヤ団長を拉致した後、ファータグランデ圏へ宣戦布告を行う。